Komisja Europejska opracowała szczególne warunki uczestnictwa w programie Horyzont 2020 odnoszące się do niektórych państw. Chodzi o ustalenie, czy i w jakich przypadkach możliwe będzie finansowanie udziału w H2020 podmiotów pochodzących z:

• regionów najbardziej oddalonych, tj.: Gwadelupa, Gujana Francuska, Reunion, Martyniki, Majotta, Saint-Martin (Francja), Azory i Madera (Portugalia), Wyspy Kanaryjskie (Hiszpania),
• krajów i terytoriów zamorskich,
• Gibraltaru i północnej części Cypru,
• krajów objętych sankcjami,
• regionu Krymu i Sewastopola.

Z uwagi na ograniczenia nałożone przez UE na niektóre kraje, należy każdorazowo sprawdzać czy partnerzy pochodzący z państw objętych sankcjami nie będą pozbawieni finansowania w programie H2020. Dotyczy to zarówno projektów badawczych w zakresie dotyczącym konkretnych technologii, grantów badawczo-szkoleniowych Marii Skłodowskiej-Curie a także grantów ERC. Oficjalne stanowisko UE dostępne jest w Participant Portal oraz w dokumencie pt.: "Restrictive measures (sanctions) in force".