Aktualna sytuacja spowodowana ekspansją wirusa Covid-19 utrudnia pracę zarówno wnioskodawcom jak i beneficjentom programu Horyzont 2020. Mając to na uwadze, Komisja Europejska reaguje np. wydłużając niektóre terminy naboru wniosków. Informacje na ten temat publikowane są w specjalnym serwisie internetowym pn.: "European Research Area (ERA) Corona Platform". Zaleca także zespołom projektowym korzystanie z narzędzi do pracy zdalnej, które mogą zapewnić im bezpieczną i efektywną komunikację. 

Pojawiają się jednak specyficzne pytania od beneficjentów dotyczące np. realizacji projektów czy składania raportów. Odpowiedzi są zamieszczane w portalu "Funding and Tender Opportunities" w sekcji "Frequently Asked Questions" (FAQ).